Intenzivní zemědělství způsobilo výrazný pokles biologické rozmanitosti, od negativních účinků pesticidů až po scelování pozemků a obrovské změny biotopů. Ekologické zemědělství podporuje biodiverzitu na všech úrovních: genetické, druhové, stanovištní i ekosystémové. Zemědělci mají z této zvýšené biologické rozmanitosti na farmě prospěch mimo jiné i díky lepšímu opylování, aktivnějšímu životu v půdě, omezení výskytu škůdců a jejich potlačování přirozenými nepřáteli, řízenému koloběhu živin, omezení znečištění a eroze. Kromě toho ekologické zemědělství upřednostňuje a podporuje rozvoj a využívání původních plemen zvířat a krajových odrůd rostlin. Zachování polopřirozených oblastí v zemědělské krajině je hlavním faktorem pro uchování biologické rozmanitosti a péče o přírodu. Opatření na ochranu přírody by měla být začleněna do ekologických výrobních postupů a dlouhodobého plánování zemědělských podniků; příklady takových opatření zahrnují: snížení nebo přizpůsobení četnosti a termínů pěstebních opatření, zakládání květnatých pásů, živých plotů nebo jiných trvalých krajinných prvků na okrajích polí, začlenění pastvin do osevních postupů a mnoho dalších.

Toto téma se zaměřuje na zemědělské postupy, které podporují biologickou rozmanitost rostlin a živočichů na farmě a chrání přírodní stanoviště.