Intensiivne põllumajandus on põhjustanud bioloogilise mitmekesisuse tõsise vähenemise, alates pestitsiidide negatiivsetetest mõjudest maastikulise mitmekesisuses vähenemisest ja tohutust elupaikade muutimisest. Mahepõllumajandustavad toetavad bioloogilist mitmekesisust kõikidel tasanditel: geneetiline, liik, elupaik ja ökosüsteem. Põllumajandustootjad saavad bioloogilisest mitmekesisusest kasu tolmeldamise, aktiivsema mullaelustiku, kahjurite arvukuse vähenemise ja looduslike vaenlaste tõrje ning toitainete ringluse, reostuse ja erosiooni reguleerimise kaudu. Pealegi soodustab ja toetab mahepõllumajandus  kohalike tõugude ja -sortide väljatöötamist ja kasutamist. Põllumajandusmaastike poollooduslike alade kaitse on keskne tegur bioloogilise mitmekesisuse ja looduse kaitses. Looduskaitsemeetmed tuleks integreerida mahepõllumajandusliku tootmise tavadesse ja põllumajandusettevõtete pikaajalisse planeerimisse. Selliste tegevuste näited hõlmavad järgmist: põllumajandustoimingute sageduse ja kuupäevade vähendamine või kohandamine, lilleribade, hekkide või muude püsivate maastikuelementide istutamine põlluservadele, rohumaade integreerimine külvikordasesse ja palju muud.

Selle teema keskmes on põllumajanduspraktikad, mis edendavad põllumajandusettevõtetes taimestiku ja loomastiku mitmekesisust ning kaitsevad looduslikke elupaiku.