Интензивното земеделие е причинило голям спад в биологичното разнообразие, от негативните ефекти на пестицидите до окрупняването на земята и огромната промяна на местообитанията. Биологичните земеделски практики подпомагат биологичното разнообразие на всички нива - генетични,  сортове и породи, местообитания и екосистема. Земеделските производители се възползват от това увеличено биоразнообразие във фермата чрез по-добро опрашване, по-активен живот на почвата, намаляване и контрол на вредителите от естествените врагове, както и кръговрат на хранителни вещества, замърсяване и регулиране на ерозията. Освен това биологичното земеделие благоприятства и подкрепя развитието и използването на местни породи животни и растителни сортове. Опазването на полуестествените площи в земеделието е основен фактор за биологичното разнообразие и опазването на природата. Мерките за опазване на природата трябва да бъдат интегрирани в практиките за биологично производство и дългосрочното планиране на земеделските стопанства. Примери за такива действия включват: намаляване или адаптиране на честотата на операциите по отглеждане, засаждане на цветни ивици, живи плетове или други постоянни елементи на ландшафта в полетата, повече култури и други.

Фокусът на тази тема са земеделските практики, които насърчават флората и фауната на биологичното разнообразие във фермите и опазват естествените местообитания.