Az intenzív gazdálkodás a biodiverzitás jelentős csökkenését okozta, a peszticidek negatív hatásaitól a nagyobb táblák kialakításán keresztül és az élőhelyek mérhetetlen változásáig. Az ökológiai mezőgazdasági gyakorlatok minden szinten, így genetikai, faji, élőheliy és ökoszisztéma szinten támogatják a biológiai sokféleséget. A gazdálkodók profitálnak a gazdaságban megnövekedett biodiverzitásból, többek között a jobb beporzás, az aktívabb talajélet, a kártevők számának csökkenése és a természetes ellenségek megjelenése, valamint a tápanyagok körforgása, a szennyezés és az erózió kontrollja révén. Az ökológiai gazdálkodás emellett elősegíti és támogatja az őshonos állatfajták és növényfajták fenntartását és használatát is. A mezőgazdasági tájakon található féltermészetes területek fenntartása a biológiai sokféleség és a természetvédelem központi tényezője. A természetvédelmi intézkedéseket be kell építeni az ökológiai termelési gyakorlatokba és a gazdaságok hosszú távú tervezésébe. Ilyen tevékenységek például a növénytermesztési műveletek gyakoriságának csökkentése vagy időpontjának módosítása, virágos sávok, sövények vagy más állandó tájelemek ültetése a szántóföldek peremére, a gyep integrálása a vetésforgóba és még sok más.

Ebben a témában azok a gazdálkodási gyakorlatok állnak a középpontban, amelyek elősegítik a gazdaságok növény- és állatvilágának biodiverzitását és megóvják a természetes élőhelyeket.