Η εναρμόνιση των συστημάτων γεωργικής παραγωγής με τις οικολογικές διεργασίες, καθώς και οι υγιείς κοινωνικές και οικονομικές πρακτικές, αποτελούν τις βασικές αρχές της αγροοικολογίας. Πώς όμως εφαρμόζονται οι αγροοικολογικές αρχές στις γεωργικές πρακτικές; Οι αγροοικολογικές γεωργικές πρακτικές, όπως: η βιολογική καταπολέμηση των παρασίτων, η ενσωμάτωση φυσικών στοιχείων τοπίου στα γεωργικά τοπία για τη μείωση της χρήσης φυτοφαρμάκων, η ελάχιστη κατεργασία του εδάφους που αυξάνει τη δραστηριότητα του εδαφικού βιόκοσμου και βελτιώνει τη γονιμότητα του εδάφους. Αυτές είναι μερικές από τις αγροοικολογικές πρακτικές που αποσκοπούν στην παραγωγή τροφίμων σε αρμονία με τις οικολογικές διαδικασίες, προωθώντας την αειφορία, προστατεύοντας τη βιοποικιλότητα και μετριάζοντας την κλιματική αλλαγή, ενώ παράλληλα βελτιστοποιούν τις υπηρεσίες του οικοσυστήματος.