La agricultura intensiva ha causado una importante disminución de la biodiversidad, desde los efectos negativos de los plaguicidas hasta la concentración de tierras y el inmenso cambio de hábitat. Las prácticas agrícolas orgánicas apoyan la biodiversidad a todos los niveles: genético, de especies, de hábitat y de ecosistema. Los agricultores se benefician de este aumento de la biodiversidad en las explotaciones agrícolas gracias a la mejora de la polinización, una vida más activa en el suelo, la reducción de las plagas y el control por parte de los enemigos naturales, y la regulación del ciclo de los nutrientes, la contaminación y la erosión, entre otras cosas. Además, la agricultura ecológica favorece y apoya el desarrollo y la utilización de razas animales y variedades vegetales autóctonas. La conservación de las zonas seminaturales en los paisajes agrícolas es un factor central para la biodiversidad y la conservación de la naturaleza. Las medidas de conservación de la naturaleza deben integrarse en las prácticas de producción orgánica y en la planificación agrícola a largo plazo; entre los ejemplos de esas medidas cabe citar: la reducción o adaptación de la frecuencia y las fechas de las operaciones de cultivo, la plantación de bandas florales, setos u otros elementos permanentes del paisaje en los márgenes de los campos, la integración de las lías en las rotaciones de los cultivos y muchas otras medidas.

Este tema se centra en las prácticas agrícolas que promueven la biodiversidad floral y faunística en las granjas y conservan los hábitats naturales.