L'agriculture intensive a provoqué un déclin important de la biodiversité, à cause notamment des effets négatifs des pesticides, du remembrement des terres, et de l’important changement des milieux. Les pratiques agricoles biologiques soutiennent la biodiversité à tous les niveaux : de la génétique, des espèces, des milieux et des écosystèmes. Les agriculteurs bénéficient de cette biodiversité accrue au sein de leur ferme par une meilleure pollinisation, une vie des sols plus active, à la réduction des parasites et leur contrôle par les ennemis naturels, ainsi que la régulation du cycle des nutriments, de la pollution et de l'érosion, entre autres. En outre, l'agriculture biologique favorise et soutient le développement et l'utilisation de races animales et de variétés végétales indigènes. La conservation des zones semi-naturelles dans les paysages agricoles est un facteur central pour la biodiversité et la conservation de la nature. Les mesures de conservation de la nature doivent être intégrées dans les pratiques de production biologique et dans la planification à long terme des exploitations agricoles. Parmi les exemples de ces mesures, on peut citer la réduction ou l'adaptation de la fréquence et des dates des opérations de culture, la plantation de bandes de fleurs, de haies ou d'autres éléments paysagers permanents en bordure des champs, l’allongement des rotations de cultures et bien d'autres encore.

Ce thème est axé sur les pratiques agricoles qui favorisent la biodiversité florale et faunique à la ferme et conservent les habitats naturels.