Il sistema di produzione biologico, così come i processi di trasformazione e confezionamento, mirano a creare prodotti amici dell'ambiente, sottoposti a lavorazioni minime e di alta qualità, che mantengono l'integrità del prodotto. La trasformazione di alimenti e mangimi può aggiungere valore nutrizionale ed economico. I metodi, le pratiche e le sostanze utilizzate nella trasformazione biologica sono regolamentati attraverso l'organismo di certificazione, e l'uso di conservanti artificiali o sintetici e l'irradiazione, ad esempio, sono proibiti.

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