De biologische varkensproductiesystemen in Europa lopen sterk uiteen. In sommige landen worden varkens in vrije uitloopsystemen op de wei beheerd, terwijl in andere landen varkens voornamelijk worden gehuisvest in binnensystemen met betonnen uitloop in de openlucht. Als gevolg hiervan zijn er ook andere managementuitdagingen.

Een van de grootste uitdagingen voor biologische varkensproducenten is de productie van varkensvlees van hoge kwaliteit tegen een gematigde prijs, zonder daarbij de hoge normen op het gebied van diergezondheid en dierenwelzijn uit het oog te verliezen. Dierenvriendelijke en efficiënte varkensproductie vereist een consequent gebruik van alle preventieve maatregelen in de veehouderij, hygiëne, voeding en management om de ontwikkeling van ernstige ziekten, verwondingen en stress te voorkomen. Andere uitdagingen voor de producenten zijn dat de EU-verordening voor biologische landbouw vereist dat het voer afkomstig moet zijn van het bedrijf zelf of uit dezelfde regio en dat het voer moet worden gevarieerd om in elk stadium van de productie aan de vraag naar energie en eiwitten te kunnen voldoen.