Uno dei principali fattori limitanti le produzioni in agricoltura biologica è l’insufficiente apporto di azoto. Coltivare leguminose è il modo più efficiente per per aumentare la dotazione azotata del terreno, ma anche l’incorporazione di residui colturali e letame possono avere la loro efficacia. D’altro canto, troppo azoto o disponibilità di azoto in un momento sbagliato del ciclo vegetativo possono fare più male che bene, di conseguenza è molto importante comprendere le esigenze di ogni specie coltivata e il tasso di mineralizzazione dei fertilizzanti applicati. Carenze di potassio, fosforo e zolfo possono, altresì, limitare la produzione e vanno prese in considerazione all’interno della strategia di fertilizzazione.

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