La production végétale durable dépend du maintien et de l'amélioration de la qualité et de la fertilité des sols, qui dépendent eux-mêmes de la matière organique du sol et de son impact sur les propriétés chimiques, biologiques et physiques du sol. La matière organique est source de vie pour la grande diversité d’organismes microbiens et de la faune du sol présents dans le sol. Ces organismes rendent les nutriments disponibles et sont à l’origine de la structure du sol. Par conséquent, les rotations des cultures doivent toujours inclure une phase qui permet à la matière organique dans le sol de s'accumuler, c'est-à-dire en intégrant des prairies temporaires (graminées-légumineuses) les ou couverts végétaux en automne et en hiver. Pour protéger la vie du sol, l'apport de nutriments par le fumier, les résidus de récolte ou d'autres engrais doit être bien équilibré. Le compactage par des machines lourdes doit être évité pour la même raison.

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